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北京基因组所(国家生物信息中心)宣布更新版新型冠状病毒信息库2019nCoVR

  2020年12月28日 ,pg电子官网(国家生物信息中心)抗疫攻关团队在国际学术期刊Genomics, Proteomics & Bioinformatics在线宣布题为“The Global Landscape of SARS-CoV-2 Genomes, Variants, and Haplotypes in 2019nCoVR”的文章 ,系统介绍新型冠状病毒(简称新冠病毒)信息库2019nCoVR更新版主要内容。 

  2019年12月底新冠病毒肺炎疫情暴发 ,为支撑海内外科学研究、疫情防控等事情 ,国家生物信息中心率先建立抗疫攻关团队 ,开展新冠病毒基因组信息整合与变异注释剖析 ,于2020年1月22日宣布新冠病毒信息库2019nCoVR。这一事情被写入国务院新闻办公室宣布的《抗击新冠肺炎疫情的中国行动》白皮书。第一版数据库宣布之后(相关文章于2020年2月12日在《遗传》杂志中文版宣布) ,抗疫攻关团队不绝优化革新变异注释与剖析要领 ,富厚完善数据库功效。 

  2019nCoVR收集整合海内外多个数据库的新冠病毒基因组数据 ,提供实时、全面的新冠病毒基因组元信息、数据质量评估、全球漫衍与统计等 ,通过人工审编和自动化质量评估 ,增补增值注释信息。在此基础上 ,2019nCoVR剖析高质量的全长人源病毒基因组数据 ,注释新冠病毒基因组变异 ,获得全球规模内新冠病毒基因组变异图谱 ,基于采样时间和国家进行变异动态展示并构建单倍型网络 ,监测新冠病毒的时空流传。 

  截至2021年1月4日 ,2019nCoVR数据库已为全球175个国家/地区的近20万用户提供数据效劳 ,会见量超50万次 ,累计数据下载凌驾2.2亿条 ,有效支撑了北京新发地疫情分子溯源、巴基斯坦海内新冠病毒流传演化剖析等事情 ,在全球抗疫历程中发挥了重要作用。 

  北京基因组所(国家生物信息中心)的宋述慧和马利娜副研究员 ,以及邹东、田东梅、李翠萍、朱军伟工程师为该文配合第一作者 ,鲍一明研究员、薛勇彪研究员、赵文明正高级工程师、章张研究员为该文配合通讯作者。本研究获得了国家科技部重点研发计划 ,以及中科院战略先导专项、信息化专项、青促会等项目支持。 

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  单倍型网络与谱系漫衍(截至2020年7月14日)。A. 单倍型网络动态显示单倍型(I)在各国(II)和随时间(III)的生长情况;B. 9大谱系结构图;C. 9大谱系关系示意图;D. 9大谱系在各大洲的比例漫衍;E. 9大谱系与SLG分类之间的关系。

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