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北京基因组所(国家生物信息中心)相助构建再生生物学多组学数据库

  随着细胞重编程、基因编辑、合成生物学、高通量测序等技术的快速生长,再生生物学进入前所未有的蓬勃生长时期,助力解决组织替代、功效修复、衰老干预、疾病治疗等一系列生命医学领域的重要科学难题。面对科学数据的爆炸式增长,亟需建立以再生生物学为焦点的开放数据库,以存储世界规模内的组学研究数据为基础,推动再生相关的基础研究和临床转化应用的不绝生长。

  9月30日,pg电子官网(国家生物信息中心)鲍一明研究组、张维绮研究组和动物研究所刘光慧研究组、曲静研究组相助在 Nucleic Acids Research 杂志宣布了题为“Regeneration Roadmap: database resources for regenerative biology”的论文,建立了再生生物学领域首个多组学数据库Regeneration Roadmap。该数据库从转录组、单细胞转录组、表观基因组及药物基因组等差别层面整合了再生相关数据集,涉及11个物种、36种组织类型,实现了差别条件下基因表达随再生变革的汇聚融合,以及对差别条理组学数据的交互盘问和联合比较剖析。别的,数据库收录了基于已有文献报道的再生相关基因集,使得用户可以越发深入全面地了解特定基因或通路在再生生物学中的功效。

  Regeneration Roadmap数据库实现了对多物种再生相关的差别条理组学数据的收录与整合。作为一个连续更新的国际化信息平台,Regeneration Roadmap 的建立为海内外再生生物学相关数据的统一汇交、集中存储、宁静治理、开放共享以及前沿交叉研究和临床转化应用提供重要助力和支撑。该数据库对用户免费开放,相关运维团队将对该数据库进行按期维护与更新,不绝整合更多的再生相关数据资源、汇交多条理组学数据。别的,该团队于2020年建立了Aging Atlas(AA)数据库,收录和整合了与衰老相关的差别条理多组学数据。目前Aging Atlas数据库已效劳来自全球25个国家的上万名会见者。Aging Atlas和Regeneration Roadmap数据库将形成资源互补,配合推动衰老生物学和再生生物学的学科生长。

  Regeneration Roadmap数据库由中科院北京基因组所(国家生物信息中心)、中科院动物所、中科院干细胞与再生医学科学数据中心、中科院干细胞与再生医学立异研究院、北京干细胞与再生医学研究院、首都医科大学宣武医院国家老年疾病临床研究中心等机构相助完成。数据库的建设获得了pg电子官网周琪院士、pg电子官网干细胞与再生医学立异研究院胡宝洋研究员、pg电子官网(国家生物信息中心)杨运桂研究员、任捷研究员,首都医科大学宣武医院国家老年疾病临床研究中心王思研究员、中科院动物所宋默识研究员的指导和支持。该项目获得国家科技部、国家自然科学基金委、pg电子官网和北京市等项目的资助。

  论文链接

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  Regeneration Roadmap数据库

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