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基因组平台特色技术

  基因组平台是所级中心测序技术支撑和技术开发部分 ,卖力生物样品核酸提取和检测、文库构建、上机测序和基本数据处理、生物样品库维护等任务 ,装备先进的NGS高通量测序技术平台(HiSeq2000、HiSeq3000、HiSeq4000和Ion Proton)、单分子测序仪(PacBio RSII)以及核酸质谱仪Agena(原Sequenom MassArray) ,可开展基因组重新测序、基因组重测序、转录组测序、小RNA测序、甲基化测序、ChIP-seq测序、单细胞基因组和单细胞转录组测序、外显子组测序、全长转录本测序、高通量SNP检测等技术效劳。通过多年的经验积累和技术开发 ,在微量样品测序、RNA甲基化测序、大片段Mate-paired文库构建、全长转录本测序研究等方面 ,平台坚持技术领先。

  基因组平台特色技术有:

  一、微量样品测序

  1.DNA测序:起始量低至1ng;

  2.DNA甲基化测序:起始量低至100ng;

  3.转录组测序:总RNA起始量低至100ng;

  4.ChIP-seq测序:起始量低至5ng;

  5.全外显子组测序:起始量低至50ng;

  二、RNA甲基化测序

  RNA 5mC甲基化测序检测;

  三、大片段Mate-paired文库构建

  1.1-15kb文库构建;

 

  2.35kb文库构建;

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图1. 1-15kb Mate-paired文库构建流程

  

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  图2. 35kb文库构建及末端测序流程

  四、全长转录本测序

  1.基于SMART技术的全长转录本文库构建;

  2.多个样品(单细胞)barcode混淆构建全长转录本文库;

  3.PacBio测序平台测定获取全长转录本序列及数据剖析;

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  图3. PacBio全长转录本测序剖析流程

  

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  图4. PacBio全长转录本研究基因可变剪接优势示意图

  五、庞大基因组测序解决计划

  1.综合运用小片段文库测序、Mate-paired文库测序及Fosmid 35kb文库测序 ,组装Contig、构建Scaffold;

  2.利用三代PacBio测序平台 ,获得长读长(>10kb)序列数据 ,整合二代测序数据 ,组装基因组精细图。

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